国立大学法人評価委員会は、中期目標期間（6年間）終了時に、各国立大学法人の中期目標・中期計画に記載された事項の実施状況を検証し、達成状況を評価します。但し、教育・研究に関する事項については、独立行政法人大学改革支援・学位授与機構（以下、機構）にその評価の実施を要請し、その結果を尊重することとされています。

また、「国立大学法人評価」の結果は、運営費交付金（国から国立大学へ配分される予算）等の算定へ反映されます。